ด้านศาสนา
1. การจัดระเบียบการปกครองสงฆ์ แบ่งออกเป็น 4 คณะประกอบด้วย
       1.1 คณะเหนือ คือคณะสงฆ์ ตามวัดต่าง ๆ ในหัวเมืองฝ่ายเหนือทั้งหมด
       1.2 คณะใต้ คือคณะสงฆ์ ตามวัดต่าง ๆ ในหัวเมืองฝ่ายใต้ทั้งหมด ตั้งแต่ราชบุรีลงไป
       1.3 คณะกลาง คือคณะสงฆ์ ตามวัดต่าง ๆ ในเขตแขวงกรุง
       1.4 คณะอรัญวาสี คือคณะสงฆ์ ที่เล่าเรียนฝ่ายวิปัสสนาธุระ
ส่วนพระสงฆ์ฝ่ายธรรมยุติกนิกายให้ขึ้นกับคณะกลาง โดยมี กรมสมเด็จพระปรมานุชิตชิโนรส อธิบดีสงฆ์วัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม เป็นผู้ดูแล
2. การสร้างและจำลองพระพุทธรูป
             พระราชดำริทางพระพุทธศาสนาของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว มิได้จำกัดอยู่เฉพาะพระธรรมคำสอนเท่านั้น แต่มีพระราชดำริวินิจฉัยเรื่องต่าง ๆ ดังกล่าวเป็นสิ่งที่แสดงให้เห็นถึงพระอัฉริยภาพและพระราชอัธยาศัยที่มุ่งตรงต่อความเป็นจริงและความ๔ุกต้อง ในเรื่องนั้น ๆ ทั้งแสดงให้เห็นว่าทรงยึดมั่นในหลักเหตุผลตามแนวแห่งพุทธวินิจฉัย ในการศึกษาและวินิจฉัยเรื่องต่าง ๆ โดยมีความจริงและความถูกต้องเป็นเป้าหมาย ในด้านปฏิมากรรม พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงพระดำริสร้างพระพุทธรูป ซึ่งมีพุทธลักษณะแตกต่างไปจากพรพุทธรูปสมัยก่อนกล่าวคือ มีลักษณะใกล้เคียงกับมนุษย์ทั่วไปมากขึ้น พระพุทธรูปที่โปรดฯ ให้สร้าง เช่น 
                                                                      2.1 พระสัมพุทธพรรณี
                                                                      2.2 พระนิรันตราย
                                                                      2.3 พระพุทธอังคีรส
                                                                      2.4 พระพุทธสิหิงจำลอง

	พระสัมพุทธพรรณี ทรงพระราชดำริสร้างขึ้นแต่ครั้งยังทรงผนวชอยู่ และประทับอยู่ ณ วัดราชาธิวาส ปัจจุบัน พระสัมพุทธพรรณีประดิษฐานอยู่ในพระอุโบสถวัดพระศรีรัตนศาสดาราม
	พระนิรันตราย ทรงพระราชดำริให้สร้างสำหรับตั้งในงานพระราชพิธีองค์หนึ่งไม่มีเรือนแก้ว แล้วทรงพระราชดำริ ให้จำลองสร้างอย่างมีเรือนแก้วสำหรับพระราชทานให้กับพระอารามหลวงฝ่ายธรรมยุติกนิกายวัดละองค์ รวม 18 องค์
	พระพุทธอังคีรส พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดเกล้าฯ ให้สร้างขึ้นเพื่อจะอัญเชิญไปประดิษฐาน ณ พระปฐมเจดีย์ แต่สิ้นรัชกาลเสียก่อน ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 โปรดเกล้าฯ ให้สถาปนาวัดราชบพิตรสถิตมหาสีมารามขึ้น จึงโปรดเกล้าฯ ให้อัญเชิญ พระพุทธอังคีรส มาประดิษฐานเป็นพระประธานในพระอุโบสถ วัดราชบพิตรสถิตมหาสีมารามและถวายพระนามว่า พระพุทธอังคีรส
	พระพุทธสิหิงจำลอง หล่อเพื่อเป็นพระประธานวัดราษฎร์ประดิษฐ์สถิตย์มหาสีมาราม เรียกว่า พระพุทธสิหังคปฏิมากร และจำลองไปไว้ที่ซุ้มจรนำพระปฐมเจดีย์องค์หนึ่ง เรียกว่า พระสิหิงค์

3. การสร้างและบูรณะ ปฏิสังขรณ์วัด
   มีพระราชประเพณีของพระมหากษัตริย์ไทยมาแต่โบราณที่โปรดเกล้า ฯ ให้สร้างพระอารามถวายไว้ในพระพุทธศาสนา เพื่อเป็นพระราชกุศลและเป็นการสืบอายุพระพุทธศาสนาพระอารามที่โปรดเกล้าให้สร้างนั้นเรียกว่าพระอารามหลวง วัดที่โปรดให้สร้างในกรุงเทพมหานคร ได้แก่
                                          1. วัดบรมนิวาส
                                          2. วัดราชประดิษฐ์สถิตย์มหาสีมาราม
                                          3. วัดโสมนัสวิหาร
                                          4. วัดปทุมวนาราม
                                          5. วัดมกุฎกษัตริยาราม

	วัดบรมนิวาส โปรเกล้าฯ ให้สถาปนาขึ้น เมื่อ พ.ศ. 2377 ครั้วเมื่อยังทรงผนวชและเสด็จประทับ ณ วัดสมอราย เดิมเรียก วัดนอก ได้เป็นวัดหลวงในสมัยรัชกาลที่ 3 และได้พระราชทานนามว่า วัดบรมนิวาส
	วัดโสมนัสวิหาร โปรดเกล้าฯ ให้สถาปนาขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2396 ทรงอุทิศพระราชทานสมเด็จพระนางเจ้าโสมนัสวัฒนาวดี พระมเหสี ซึ่งสิ้นพระชนม์เมื่อ พ.ศ. 2395
	วัดปทุมวนาราม โปรดเกล้าฯ ให้สถาปนาขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2400 พระราชทานเป็นพระอารามของ สมเด็จพระเทพศิรินทรา บรมราชีนี
	วัดราชประดิษฐสถิตมหาสีมาราม โปรดเกล้าฯ ให้สถาปนาขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2407 พระราชทานถวายเป็นพระอารามสำหรับพระสงฆ์คณะธรรมยุติกนิกาย ซึ่งวัดนี้ เป็นพระอารามประจำรัชกาล 4
	วัดมกุฎกษัตริยาราม โปรดเกล้าฯ ให้สถาปนาขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2410 ในสมัยรัชกาลที่ 4 ราษฎรทั่วไปนิยมเรียกวัดนี้ว่า วัดพระนามบัญญัติ ครั้นถึงสมัยรัชกาลที่ 5 โปรดให้ใช้ชื่อ วัดมกุฎกษัตริยาราม ตามที่พระราชทานไว้แต่เดิม

      นอกจากนี้ทรงบูรณะปฏิสังขรณ์ วัดวาอารามอื่น ๆ อีกมากกว่า 40 วัด ทั้งในกรุงเทพมหานครและหัวเมือง อาทิ วัดอรุณราชวราราม วัดบวรนิเวศ พระเจดีย์ภูเขาทอง วัดสระเกศ พระราชทานนามว่า บรมบรรพต พระสมุทรเจดีย์ กลางน้ำเมืองสมุทรปราการ พระพุทธเสลเจดีย์ ยอดเขามหาสวรรค์ หรือ ที่เรียกว่า พระนครคีรี แต่ชาวบ้านเรียกว่า  เขาวัง
4. สงสมณทูตไปลังกา เพื่อนำพระไตรปิฎกที่ยืมมาในสมัยรัชกาลที่ 3 ไปคืน โดยมีพระสงฆ์ไป 10 รูป มีพระอโนมศิริมุนี เป็นหัวหน้า ภายหลังได้เป็นสมเด็จพระพุทธาจารย์ ( สี )
5. ทรงอุปถัมภ์ศาสนาต่าง ๆ อาทิ พระราชทานที่ดินริมแม่น้ำเจ้าพระยาบริเวณข้างใต้อู่บางกอกด๊อก ให้ชาวคริสเตียนสร้างโบสถ์ ทรงสร้างวัดอุภัยราชบำรุง บริเวณตลาดน้อยให้กับพระญวนฝ่ายมหายาน