ส่งเสริมการสอนพระพุทธศาสนาในด้านต่าง ๆ ทรงสนับสนุนให้ สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยา วชิรญาณวโรรส สมเด็จพระสังฆราชเจ้าองค์สกลมหาสังฆปรินายกในเวลานั้น ปรับปรุงแก้ไขการศึกษาและการสอบพระปริยัติธรรม เช่น ได้เปลี่ยนแปลงการสอบไล่ พระปริยัติธรรม จากวิธีการแปลด้วยปากมาเป็นวิธีเขียน จัดตั้งหลักสูตรนักธรรมและบาลีขึ้น ซึ่งได้ยึดเป็นแบบแผนจนถึงปัจจุบัน
ส่วนการบูรณะ ปฏิสังขรณ์วัดและปูชนียสถานนั้น ทรงมีพระราชดำริว่า วัดต่าง ๆ ในเวลานี้มีอยู่มากจนเหลือกำลังที่จะทำนุบำรุงดูแลให้ทั่วถึง อีกทั้งในเวลานี้ การศึกษาและสถานศึกษาเป็นสิ่งสำคัญ จำเป็น ยิ่งกว่าวัดเสียแล้ว ฉะนั้นจึงมิได้โปรดให้สร้างวัดเพิ่มขึ้นอีกแล้วเปลี่ยนมาสร้างโรงเรียนแทน ดังนั้นนับแต่ รัชกาลนี้เป็นต้นมา การทำนุบำรุงพระพุทธศาสนาในด้านวัตถุ จึงมุ่งไปในด้านการบูรณะปฏิสังขรณ์เป็นสำคัญและประเพณีการสร้างวัดประจำรัชกาล ก็ได้เลิกล้มไปในคราวนั้นด้วย วัดที่สำคัญที่มีการบูรณะ ได้แก่ วัดพระศรี รัตนศาสดาราม วัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม วัดบวรนิเวศวิหาร วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษดิ์ ส่วนวัดในหัวเมือง ได้แก่ สร้างวิหารสำหรับประดิษฐาน พระร่วงโรจนฤทธิ์ ไว้ที่ วัดพระปฐมเจดีย์ นครปฐม วัดพระพุทธบาท จังหวัดสระบุรี วัดสุวรรณดาราราม จังหวัดอยุธยา นอกจากนี้ยังได้สร้างพระพุทธรูปขึ้นอีก เช่น พระแก้วมรกตน้อย ซึ่งสร้างด้วยช่างชาวรัสเซีย พระนิโรคันตราย ซึ่งโปรดฯ ให้หล่อขึ้น 16 องค์ แล้วพระราชทานไปไว้ตาม วัดมหานิกาย ทำนองเดียวกับรัชกาลที่ 4 ได้สร้าง พระนิรันตราย พระราชทานไว้ตามวัดธรรมยุติกนิกาย